Кубок РФС РФПЛ
В этом сезоне вместе с традиционным турниром U-17 (1999 гр) впервые проводится турнир U-14 (2002 гр).

Обладатель Кубка РФС РФПЛ 2016 -  1999 гр — Краснодар (подробнее)
Обладатель Кубка РФС РФПЛ 2016 -  2002 гр — Локомотив г. Москва (подробнее)

Победитель Кубка РФС РФПЛ U-17 имеет право выступать на следующий год в Юношеской лиге УЕФА.

Кубок РФС (ПФЛ, ФНЛ)
Кубок РФС для команд ПФЛ и ФНЛ состоит из отборочного этапа и финального. Отборочный этап для Москвы 1999 гр и 2002 гр. Вышли команды Строгино 99 и Динамо 02

Обладатель Кубка РФС (ПФЛ, ФНЛ) 2016 -  1999 гр — Академия Строгино г. Москва (подробнее)
Обладатель Кубка РФС (ПФЛ, ФНЛ) 2016 -  2002 гр — Академия Энергомаш г. Шебекино (подробнее)